Сергей, постарайтесь всегда всё делать последовательно , шаг за шагом.
Спонтанные действия, всегда приводят к путанице.
(это отступление)
----------------
по сути.
1. Для начала приведите все карты к единому еллипсоиду в той проекции в которой они на сайте.
для информации: на сайте все карты находятся в проекции Цилиндрической Меркатора. Некоторые на эллипсоиде WGS84 некоторые на шаре натянутом на эллипсоид (наприммер Архангельская область)2. соберите район в проекции Цилиндрическая Меркатора эллипсоид WGS84 (чтобы каждая карта, имела одинаковый тип и эллипсоид)
3. собранный район, сведите в одну карту (скопировав информацию на одну общую карту
4. вот тут, в этом месте, результат можно привести к указанной Вами проекции (в частности " СК 42, Система координат Прямоугольная условная для обзорных на Система координат 1942 года ")
хоть на Венерианский эллипсоид натягивайте, главное чтобы исходные данные были приведенвы в Меркатор на WGS84
надеюсь теперь более менее понятно