При сохранении матрицы высот в формат TXT часть данных дублируется. Например, при изменении данных по строке, долгота последовательно увеличивается, а широта "сваливается" на секунду вниз. Потом, через 20000 символов этот фрагмент повторяется уже с корректной широтой.
Получается при формировании файла TXT периодически происходят сбои и повторно обрабатываются одни и те же области, что приводит к некорректному формированию файла TXT и неправильной обработке в других программах.
В прилагаемом файле 2 фрагмента дублирующихся данных.
Так же непонятно, почему у всех значений широт целые значения секунд, ведь шаг матрицы задается в метрах.
Сохранение матрицы высот (MTW), а также матрицы качеств (MTQ) в формат TXT можно выполнить задачей "Экспорт матриц в TXT" - Комплекс 3D анализа http://gisinfo.ru/download?id=226 панель "Импорт и экспорт".
Вот пример полученного TXT-файла для матрицы из 4 строк 7 колонок в проекции "Цилиндрическая на шаре (Широта/Долгота)"