Работа со слоями

Данные, которые не требуется редактировать (а тем более те, которые редактировать нельзя), лучше сразу открывать только на чтение.
В компонентах MapView и MapScreen в методах OpenData и AppendData за это отвечает параметр mode.

По некоторой логике (например, по принадлежности к определенному слою) запретить редактировать какие либо объекты карты, которая доступна для редактирования, можно только программно - самостоятельно выполняя соответствующие проверки непосредственно перед вызовом MapObj.Commit.

А вообще это плохая практика - наносить обстановку на основную карту.
Создайте отдельную пользовательскую карту для нанесения обстановки, открывайте ее на редактирование, а остальные данные только на чтение.

Ещё такой вопрос. У меня на карте нанесена обстановка и мне необходимо создать объект поверх другого объекта, но при создании объект пропадает либо заменяется. А если создаю на пустом месте, то все норм. Как это победить?  

Пример, на карте есть векторный объект "флаг" мне на него прям сверху нужно добавить ещё один векторный объект флаг и в момент сохранения объект который должен быть над другим объектом пропадает вообще его ни где нет, либо заменяет объект под ним. Я уже пробывал при сохранении объекта ставить его на передний план, тоже не помогло. Но при создании объекта на пустом месте,, а затем переместив его поверх флага все норм. Как быть?