Попробуйте перед установкой почистить временные файлы .NET
Примерный путь к ним: c:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\Temporary ASP.NET Files\gis\
И разумеется деинсталировать предыдущую версию GIS WebServer.
И еще, какой код ошибки пишется в логе? Скопируйте все содержимое сообщения, для этого можно использовать кнопку "Копирование сведений о событии в буфер обмена".
Примерный путь к ним: c:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\Temporary ASP.NET Files\gis\
И разумеется деинсталировать предыдущую версию GIS WebServer.
И еще, какой код ошибки пишется в логе? Скопируйте все содержимое сообщения, для этого можно использовать кнопку "Копирование сведений о событии в буфер обмена".